第1回から半年後の2006年4月14日、第2回授賞式が、若者の街、原宿に位置するKDDIデザイニング・スタジオで開催されました。応募作品数は第１回を大きく上回る、世界44カ国から341本。世界7カ国を結んでの審査により、グランプリと魂賞が選定されました。

授賞式では、グランプリを受賞した『ペールケレ！』のアルト・トォヒマ監督が来日し、吉野実行委員長より表彰盾と賞金目録が手渡されました。また、魂賞に輝いた『妹』のダニエル・ムロイ監督、『小部屋』のユ・セオクユン監督のお兄様（代理としてご出席）にも賞金が授与されました。『妹』で魂賞と視聴者賞をダブル受賞したダニエル・ムロイ監督は、CON-CANの他にもサンダンス、ロッテルダム、クレルモン・フェランなど多くの映画祭で注目されています。

また、国際審査員の代表として、黒沢明監督の右腕として活躍されてきた野上照代さんから、若い映画制作者へのメッセージを語っていただきました。

会場が若者の街、原宿ということもあり、会場の近くにおられた一般の方にも作品をご覧いただける場を設けたり、ジャズの生演奏も祝いのムードを盛り上げ、楽しい式典となりました。